如果巧克力囊肿的患者采取开腹手术，在术后最少一个半月才可以同房，因为在临床上阴道和宫腔相通，宫腔又是和盆腔相通，如果过早的同房，可能会导致病原菌进入到宫腔当中，然后进入到腹腔、盆腔，这样就有可能造成伤口局部出现感染而导致严重的后果，所以建议一个半月以后再考虑同房。
另外，巧克力囊肿手术之后还需要继续用药给予治疗，主要的目的是预防复发，一般用达菲林肌肉注射3-6个月，并且在手术之后要定期复查，了解巧克力囊肿是否有复发的可能性，一旦复发，建议及时就诊。