大部分子宫内膜囊肿是不严重的，大部分是不需要任何治疗的。由于发生在子宫内膜会导致胚胎着床异常，就会出现流产，甚至是发生不孕，如果出现严重后果就需要及时进行治疗，主要是进行手术治疗。
子宫内膜囊肿目前的发病机制不是很明确，与感染是有关，平时需要注意尽量避免发生生殖系统感染，以防加重病情。子宫内膜囊肿也不会存在恶性变，建议定期随访，尤其是存在月经紊乱以及不孕的女性。
平时需要注意观察月经是否正常、有无腹部疼痛，注意保持会阴的卫生，勤换内裤以及注意性生活前后的卫生。