小器官通常指浅表部位的组织或脏器，常规检查包括全身体表包块检查，以及颈部、腋窝、腹股沟浅表淋巴结，还有眼球、眼眶、腮腺、颌下腺、舌下腺、甲状腺、甲状旁腺、乳腺、阴囊、睾丸、附睾、精索、精索静脉、胸壁、腹壁等浅表部位，通常选择高频探头检查。
常见疾病有涎腺炎症、结石、肿瘤、甲亢、甲减、桥本甲状腺炎、结节性甲状腺肿、甲状腺腺瘤、甲状腺癌、乳腺增生、乳腺炎、乳腺纤维腺瘤、乳腺癌、睾丸鞘膜积液、附睾炎、精索静脉曲张、浅表淋巴结肿大等。