肝脏穿刺检查有以下几个作用：
一、对于已经明确诊断的肝病，可以进一步了解肝内炎症程度，因为有时候肝功能和肝细胞内的炎症并不是一一对应的。临床上也经常见到肝功能正常，但是穿刺出来肝脏炎症程度很重。另外还可以从穿刺中了解是否有形成纤维化，甚至是肝硬化，肝脏穿刺对肝硬化的诊断会比彩超和生化要早得多，它是诊断肝硬化的金标准。
二、对于不明原因的肝炎，可以通过肝穿刺诊断一些疑难杂病，例如自身免疫性肝病、血色病、糖原累积病等，在肝脏病理上都有特殊的表现，可以通过肝脏病理得出诊断。
三、可以判断经过药物治疗之后，疾病是否有好转，例如自身免疫性肝炎运用激素治疗后，肝脏炎症恢复的程度，激素用量可以减到多少，对临床医生都是非常有帮助的，所以肝脏穿刺是对诊断用药、疗效判断都非常有用的检查。