骨碱性磷酸酶多存在于人体的肝脏和骨骼当中，它有生理性的偏高和病理性的偏高。一般来说生理性的偏高，多见于儿童快速发育、妇女妊娠期间，也可见于骨折愈合期间，都会导致骨碱性磷酸酶一过性的偏高，不具有病理意义。骨碱性磷酸酶病理性的偏高，常提示有骨骼或者肝脏方面的疾病，像是阻塞性黄疸、肝囊肿、肝脓肿、肝癌、肝结核，都会表现为骨碱性磷酸酶性偏高。另外一些骨骼方面的疾病，像是多发性的骨髓瘤、骨髓纤维化、骨髓异常增生，也会导致骨碱性磷酸酶病理性的偏高。