卵巢巧克力囊肿的患者也可以怀孕，但是与正常女性相比不育率比较高。卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，子宫内膜异位症的患者不育率高达40%。
引起不孕的原因比较复杂，比如盆腔微环境改变，影响精卵结合及运送，免疫功能异常导致抗子宫内膜抗体增加，而破坏子宫内膜正常代谢及生理功能，卵巢功能异常导致排卵障碍和黄体形成不良等。
对于子宫内膜异位症的治疗，其根本目的是缩减和去除病灶，减轻和控制疼痛，治疗和促进生育，预防和减少复发。