整天不停的咳嗽、反复发烧，可能是以下原因引起的：
1、支气管肺炎、肺炎、肺脓肿、支气管扩张、肺结核等疾病会引起咳嗽、反复发烧，因此建议完善胸部CT，检查血常规、C反应蛋白、降钙素原等炎症指标，明确诊断。
2、整天不停的咳嗽、反复发烧，如果伴有体重减轻、胸痛、声音嘶哑，也要排除肺部肿瘤的可能，必要的时候要检查肺癌相关抗原，明确诊断。
3、整天不停的咳嗽、反复发烧，要排除其他系统的疾病，例如自身免疫性疾病等。