一般情况下，当小肠发生疼痛多是急性肠胃炎、小肠疝气嵌顿以及小肠肿瘤、肠梗阻等导致的疼痛。
若是由急性肠胃炎所致，多数是由于饮食不卫生或者腹部着凉受寒等多种原因造成，针对这类疾病则需要注意改善饮食，少吃不健康及不卫生的食物，并采取清淡饮食以及多注意休息和做好腹部的保暖工作，必要时还应及时去医院治疗。若是有小肠疝气嵌顿所致，这种情况则需要去医院进行手术治疗。小肠肿瘤导致的这类情况，则需要去医院进行详细检查，根据具体病情来判断是用药物还是手术治疗。小肠梗阻也同样和小肠肿瘤一样，需要去医院进行详细的检查。
除了上述原因外，还有小肠内长息肉也会导致。此外，还有在无明确检查是小肠异常造成的疼痛外，像是输尿管或者卵巢等部位异常，也会被误认为是小肠部位的疼痛。