小儿手足口病治疗主要以抗病毒、清热解毒及对症治疗为主。大多数手足口病患儿临床症状比较轻，主要表现为双手、脚，臀部，口腔会出现皮疹，有的患儿会伴有发热、腹泻等症状，可以口服利巴韦林或者蒲地蓝消炎口服液、抗病毒口服液等药物。
如果患儿的口腔皮疹较多，会出现疼痛、流口水、拒食等表现，这时可进行口腔护理，或喷西瓜霜喷剂进行治疗，患儿口腔症状会逐渐缓解。小部分患者可能会出现反复的高热，甚至会出现其它的并发症需要住院治疗。