三岁小孩发烧39℃要进行以下的治疗：
1、口服退烧药，如布洛芬、对乙酰氨基酚，缓解宝宝发烧的症状，宝宝口服退烧药以后要少量多次的喝温开水，补充水分有助于缓解宝宝高烧的症状。
2、物理降温，如果宝宝高烧不退，或间隔不到四小时再次出现发烧，可以使用物理降温，如洗温水澡、温水擦浴或者贴冰贴等，缓解宝宝发烧的症状。
3、宝宝发烧的时候要少量多次的喝温开水，另外要注意饮食，尽量少食多餐，稀粥、烂面，以水果、蔬菜为主，不吃辛辣、油腻、高蛋白的食物，如肉类、鸡蛋、鱼等，尽量不吃，否则会加重宝宝发烧的症状。
宝宝发烧要积极降温，间隔4-6个小时，可以口服退烧药一次，如果孩子反复高烧不退，需要就诊。