如果牙根疼，说明得了急性根尖周炎，建议口服头孢类的抗生素加上甲硝唑类的药物，临床上常用的头孢类的药物有头孢唑林钠、头孢甲肟，以及头孢克肟、头孢曲松、头孢哌酮钠等。如果对头孢类的药物过敏，可以使用红霉素类的药物或者是克林霉素，临床上常用的红霉素类的药物有红霉素、罗红霉素等，甲硝唑类的药物临床上常用的有甲硝唑、替硝唑、奥硝唑。
患者用药前需要进行药物敏感试验，而根尖周围的炎症无法取得根尖周围的细菌进行培养，无法进行药物敏感试验，所以只能经验性地用药，临床上可以使用以上的药物。如果口服一种头孢类的药物加上一种甲硝唑类的药物，3-4天以后没有明显的效果，可以换用另一种头孢类的药物加上甲硝唑类的药物，还要配合局部的开髓引流，才能控制炎症和疼痛。