嘴唇内侧起水疱可能的原因有：
1、下唇黏液囊肿，一般在唇黏膜的下方有小的腺体，称为唇腺，是涎腺的一种，可以分泌唾液，通过导管进入口腔，如果导管受到损伤，分泌的唾液不能流入到口腔，腺体会不断地增大，形成透明的水疱，水疱大到一定程度会破裂，然后创口会慢慢地愈合，又再次形成水疱。
2、有可能是一些机械刺激造成黏膜下的水疱，比如附近有尖锐的牙尖、边缘嵴或者有残根残冠、比较大的粗糙牙石，都有可能对黏膜造成机械的刺激，而形成黏膜下的液体积聚，形成水疱。
3、还有可能是黏膜的疱性疾病，比如天疱疮、类天疱疮等都可以形成水疱。