碎结石对身体的危害很多，主要是引起血尿、疼痛、感染、肾积水、输尿管梗阻，以及增加结石复发的风险。碎结石大多数是由于体外碎石，或者手术时残留的小结石而造成。据统计，各种类型治疗后都有一定的碎结石发生率，如下：1、体外冲击波碎石以后，碎结石的发生率为18%-26%；2、经皮肾镜碎石取石术以后，碎结石残留的比率为10%-60%；3、输尿管镜碎石术以后，碎结石的百分率约有10%；4、腹腔镜以及开放手术切开取石后，残留结石的发生率为8%-16.7%。
碎结石留在体内主要原因是由于结石负荷较大，或者残留结石的位置难以取净，患者存在自身的解剖结构异常，且术后活动能力有限，以及术者的操作不够熟练等等因素所造成。有了碎结石争取应该尽量排净，没有临床意义的碎结石可以定期复查，有临床意义的碎结石应该再次手术，或者采用其他积极的非手术治疗方法，争取将其排净，以减少其对身体的危害。