肛肠镜和肠镜两者最大的区别就是检查的范围不同，肛肠镜检查是以观察直肠下段、肛管、肛门疾病为主，肠镜检查是以观察结肠和直肠疾病为主，肛肠镜的检查一般检查的范围在10cm左右，而肠镜检查则是全部大肠都能够进行检查，检查范围大概在80cm左右。
肛肠镜和肠镜检查的最主要区别就是检查的范围不同，如果怀疑是肛门病，进行肛肠镜检查就已足够。如果怀疑是肠道疾病，尤其是结肠疾病，一定还是要进行电子结肠镜的检查。