患者对性腺功能产生影响，儿童甲亢可有性发育延迟，甲亢的妇女可有月经紊乱，主要表现月经周期延长或缩短，最初经量减少，最终可发生闭经、生育率下降，即使怀孕，流产的危险性也明显增加。有些甲亢的女性以无排卵性的月经为主，伴有月经稀少，可能是由于月经周期中期黄体生成素的峰值低于正常，由于性激素结合球蛋白的浓度增高，使得总睾酮、双氢睾酮和雌二醇水平升高，但是游离的性激素水平降低，或处于正常低限，结合状态的性激素使得睾酮、双氢睾酮的代谢清除率降低。
但是雌二醇的代谢清除率正常，提示性激素的组织代谢增加，雄烯二酮向睾酮，雌酮向雌二醇，以及睾酮向双氢睾酮转化率均增加。雄激素向雌激素的转化率增加，可能是10%的男性甲亢患者发生男性乳房发育，以及勃起功能障碍的原因。而女性月经紊乱，主要是由于甲状腺激素影响了促性腺激素释放激素的信号转导，干扰黄体生成素和卵泡刺激素比值、脉冲频率和振幅。