牙床子肿可能是由于牙周炎导致的牙周脓肿，如果牙龈肿胀的部位有非常明显的波动感，说明已经有脓液形成，这时需要在严格消毒下切开脓包，排出脓液。如果没有明显的脓液形成，需要做牙周局部的冲洗上药，龈上超声洁治和龈下牙周刮治术，肿胀的牙龈可以涂滴碘甘油或者盐酸米诺环素软膏进行局部消炎。
如果牙龈肿胀的部位靠近根尖位置，说明该牙齿患有慢性根尖周炎。牙齿根尖的炎症会导致牙龈红肿、长脓包，这时患牙要做根管治疗，以清除牙髓腔内的感染物质，在炎症的急性期可以服用抗生素消炎，比如头孢、红霉素胶囊和甲硝唑片。