直肠癌术后化疗的不良反应，有恶心、呕吐、食欲差、腹泻、便秘、白细胞减少、血小板减少等表现，还有一些是药物特有的不良反应，治疗期间应严密关注患者的不良反应。
直肠癌术后化疗的反应和使用药物的反应不同，与患者对药物的耐受性等方面有关系。直肠癌化疗应用的药物不同，产生的不良反应也就不同，常用的药物包括奥沙利铂、5-氟尿嘧啶类和伊立替康。应根据患者上一治疗周期给药后不良反应的严重程度分级，和持续时间进行相应药物的剂量调整。其中对中性粒细胞减少的管理，需要医生在治疗前评估患者的骨髓造血功能，以及患者基线粒细胞的水平。