射精时出现尿道疼痛原因，主要包括以下几个方面：
一、患者存在泌尿生殖系统炎症，平时可能没有任何的临床症状，在性活动的刺激下出现尿道的疼痛，需要进行详细的检查，如血常规、尿常规等等，然后进行针对性的处理。如果疼痛非常严重，可以应用止痛药物，如布洛芬、双氯芬酸钠，然后选择敏感的抗生素进行抗菌、消炎治疗。
二、剧烈的性活动造成生殖器官、肌肉出现痉挛，引起疼痛，需要降低性生活的频率，减少性刺激，休息之后，这种疼痛会自行的缓解、消失，不必过于担心。