细菌性阴道炎通常不会影响HPV，属于两种不同病原体导致的感染。细菌性阴道病是阴道内源性感染所引起，主要是厌氧菌大量繁殖所引起的一种阴道炎症。厌氧菌在阴道内本身就有正常存在，平时维持正常的菌群平衡，不会导致疾病，在某些条件下，厌氧菌大量繁殖就会引起细菌性阴道病，表现为阴道分泌物灰白色、水样，呈酸臭味或氨臭味，气味非常重。
HPV的感染和厌氧菌一般没有关系，HPV主要是外源性感染，也就是在阴道内HPV正常情况下面不存在，若检查发现有HPV感染阳性，多是由外面带入进来。HPV最常见的传染方式是性接触传播，间接传播途径也不能够排除，比如共用浴缸、浴巾、游泳池或衣物和被污染的敷料等，也可以进行传播。HPV感染以后大部分都是隐性传染，在宫颈防癌筛查时才会发现。