结核是呼吸道传染性疾病，因此结核杆菌侵入机体的途径，首先是经由呼吸道进入肺内导致原发性肺结核，可能伴有淋巴管炎和肺门淋巴结炎。此后进入肺内的结核杆菌，可以经由淋巴管、血行导致肺结核和肺外结核。在不同类型的肺结核中，于血源播散性肺结核，全身炎症反应最重，血源播散性结核还可以经由血源导致其他肺外脏器的结核。
除此以外，结核杆菌在第一次经由呼吸道进入肺内，可以不一定导致肺部病灶，当再次进入肺内，导致的不同类型的肺结核，称为继发性肺结核，也就是肺结核分类中的三型肺结核。结核性胸膜炎，也是经由呼吸道导致肺内感染，导致胸膜变态反应而产生。因此，结核杆菌虽然首次是经由呼吸道侵入机体，但一旦进入肺内可以经由淋巴管和血行导致肺结核、肺外结核、结核性淋巴结炎等。