睡醒后头疼可能是由于睡眠不足所致，一些患者由于精神压力过大或睡眠质量差，早起后会出现脑血管痉挛的情况，从而引起头痛的症状。睡醒后头痛也有可能是夜间感冒所引起，由于夜间温度较低，人体在夜间的抵抗力较差，夜晚很容易因为受凉而感冒，睡醒后就会出现头疼的症状。
睡前过量的饮用咖啡也会导致睡醒后头疼，咖啡中所含的咖啡因具有扩张血管的作用，若过量饮用咖啡会导致脑部血管扩张，刺激脑部神经引起头疼。另外，经常性睡醒后头痛还应考虑是脑部血管病变，如脑部外伤引起的脑出血或脑肿瘤的占位性病变等，都可能出现睡醒后头疼的情况。