如果生殖器上有黑色小疙瘩，建议到医院进一步检查，明确具体的原因以后对症消除处理。如果检查存在局部的皮肤痣，可使用激光或者微波等进行局部去除。
去除以后可以局部外涂少许红霉素软膏，进行预防感染的处理，一般5-7天左右伤口可以完全愈合。如果局部存在黑色的疣，建议进行手术切除处理，根据生长的部位，可采用手术切除，切除以后缝合局部的皮肤，并做相关的病理学检查，同时局部的伤口可以外涂干扰素凝胶少许，每日3次，连续外涂7-10天，促进伤口愈合。
如果检查确诊存在局部黑色素瘤等恶性病变，建议住院治疗，进行局部的扩大切除，切除以后根据局部的病检结果选取术后对症处理的措施。