儿童性角膜炎使用何种药水，主要取决于是何种病原体导致的角膜炎。对于细菌性的角膜炎需要使用抗生素滴眼液，如左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液，此外还需要抗生素眼膏睡前涂眼。
对于病毒导致的病毒性角膜炎，需要使用抗病毒眼药水，如干扰素眼药水、阿昔洛韦眼药水，此外还需要使用更昔洛韦眼用凝胶等。对于真菌导致的角膜炎患者，需要使用抗真菌类的眼药水，如两性霉素B眼药水、那特真眼药水等来缓解角膜炎症。此外对于角膜基质的炎症，在排除禁忌症之外，可以适当使用糖皮质激素眼药水来治疗，需要医生严格把握。