酪酸梭菌活菌散说明书没有明确推荐服药的具体时间，说明服药时间对药效影响不大，饭前吃或者饭后吃都可以。从最佳服药时间的角度考虑，需要具体问题具体分析。饭前服药的优势是为了使药物尽快的进入肠道，有利于被肠道吸收，减少食物对药物生物利用度的不良影响，从而更好地发挥药效。饭后服药的优势是能够减轻药物对胃肠道黏膜的刺激，减少药物不良反应的发生。
酪酸梭菌活菌散不良反应较少，偶见患者出现恶心、呕吐等胃肠道反应。出现胃肠道反应的患者或者脾胃功能较弱的患者，可以饭后服药。反之，饭前服用，更有利于药物的吸收。可以根据实际情况，选择适合自己的服药时间。