腱鞘囊肿目前具体的病因尚不完全清楚，可能与慢性的外伤、长时间的劳损有一定关系。当劳损或者慢性外伤导致关节里边的关节积液压力增高，积液会选择关节囊稍微薄弱的地方突出，形成囊肿。
囊肿和关节里边有连接的地方相通，劳累的时候囊肿的硬度会高一些，休息以后囊肿会硬度降低甚至缩小，需要长时间重复关节活动的职业容易出现腱鞘囊肿。