脑梗时溶栓治疗是一种最有效的治疗方式，但是最大的风险是出血，包括颅内出血、泌尿道出血、腹腔出血和其他部位的出血，其中最常见的是颅内出血。
临床上大约有10%-15%的脑梗死患者，接受溶栓治疗后可以出血颅内出血，但是大多数颅内出血均为点状、散在的渗出性出血，为非症状性的出血，并不影响脑梗死患者的预后。
但也有少部分患者溶栓治疗后可以出现大面积脑出血，需要紧急手术治疗，严重的患者可以出现危及生命。此外溶栓治疗还有其它风险，主要是过敏，包括喉头、舌头的过敏。