做直肠指检一般2-3分钟可完成检查，直肠指检是肛管直肠疾病检查方法中最简便最有效的方法之一，直肠指检被称为指诊眼，也就是相当于医生的第三只眼睛，往往通过指检可及早发现肛管及直肠下段的早期病变。
直肠癌延误诊断的病例中约85%是由于未做直肠指检。操作时医生要润滑患者肛门，患者需做排便动作，此时肛门外括约肌、盆底肌可明显放松。
医生会在充分尊重患者的情况下将检查手指缓慢插入肛门，按一定的步骤检查，手指动作柔和，由前向后再由后向前环扫一周。