地衣芽孢杆菌长期服用会引起肠道功能减弱，造成便秘。地衣芽孢杆菌是属于微生态制剂，其中主要包括双歧杆菌类和乳杆菌类，这些物质能够帮助调节肠道菌群失衡，恢复肠道的健康。适当服用可以起到肠道保健的效果，对于细菌感染、真菌感染、病毒感染引起的急慢性肠炎都具有治疗效果。
地衣芽孢杆菌在服用的时候，一般情况下不会导致副作用，但是有部分人长期服用会造成药物依赖性。这些人会因此而诱发肠道菌群失衡，在药物停止之后有可能会导致肠道蠕动功能缓慢，因此而诱发便秘的出现。并且对于本身肠道系统是健康的人也是不可以服用的，这些人服用会导致肠道菌群平衡被打破。