鼓膜内陷的主要原因是中耳内的空气不流通，而中耳内空气流通主要与咽鼓管有关，任何原因引起咽鼓管阻塞后，鼓室通气及引流障碍，鼓室内空气逐渐被吸收，气压降低甚至负压，鼓膜因而内陷。
一、主要病因
以下原因均可导致咽鼓管障碍，从而造成鼓膜内陷。
1、在儿童中常见于腺样体肥大。
2、一些功能性的疾病如咽鼓管相关肌群薄弱、软骨弹性差、细菌蛋白溶解酶的破坏使咽鼓管内表面活性物质减少。
3、某些畸形如腭裂、鼻中隔偏曲。
4、鼻咽部的炎症如肥厚性鼻炎、鼻窦炎、过敏性鼻炎、急性鼻咽炎。
5、耳部疾病如分泌性中耳炎、鼓室硬化症、鼓室内积液。
6、鼻咽部存在瘢痕或良恶性肿瘤如鼻咽癌、鼻咽纤维血管瘤。
7、引起鼻咽部病损的全身性疾病，如淀粉样瘤、甲状腺功能减退、结核性肉芽肿以及艾滋病等。
8、细菌外毒素或先天性纤毛运动不良综合征等致咽鼓管纤毛运动障碍。
9、外伤及气压损伤。
二、诱发因素
1、过敏：一些人属于过敏体质，当接触到过敏源，如空气中的尘螨、霉菌、花粉、粉尘等，可进入鼻腔，刺激鼻咽部引发过敏反应，导致鼻咽部水肿、炎症，继而引起咽鼓管不畅，导致鼓膜内陷。
2、化学物质：某些化学物质的刺激同样可以引起鼻咽部炎症，引起咽鼓管不通。
3、气压损伤：体外气压急剧变化，可引起鼓膜及中耳的损伤，同样是鼓膜内陷的诱因，常见的气压损伤主要是因为乘坐飞机、潜水、沉箱作业或者高压氧治疗造成。
4、气候变化：气候变化可引发感冒等上呼吸道的炎症反应，容易引起鼻塞等症状，导致鼻咽部的水肿、炎症，是诱发鼓膜内陷的因素之一。
5、外伤：一些外力的作用如撞击、被殴打，可以导致耳部和鼻咽部结构的损伤，诱发鼓膜内陷。