龟头上有小水疱不痛不痒，则建议到医院进一步检查明确原因：
第一、疱疹病毒感染，早期可以出现簇状分布的小疱，但不伴有明显的疼痛，但随着病情进一步进展可以出现疱壁破裂而出现局部疼痛、糜烂等症状，常见于不洁的性接触而感染疱疹病毒以后，通常需要进行疱疹病毒的检测来确诊，已经确诊则需要积极的治疗，此病可以通过性接触传播，故而属于性病的一种。
第二、如果有过度手淫，则在手淫过程中可以造成龟头局部出现小水疱，水疱一般为单一一个，而且水疱相对比较大，可以自行破裂，早期可无任何自觉疼痛症状，但破裂以后可产生局部的疼痛感，多见于剧烈手淫或者过度刺激后出现。
第三、当患有龟头炎时可能会出现有小水疱，如果在炎症初期，此时尚未出现红肿或者糜烂等，可能疼痛不明显，但是随病情进展炎症未得到控制，则可能会出现疱液发红、脓疱或者疼痛等。