长期吃金匮肾气丸可能会出现副作用，除非是在医生的全程指导、监测下，患者定期复诊并评估治疗结果，由医生权衡利弊，审慎考虑是否需要继续服用下去，否则金匮肾气丸不可以长期服用。任何药物长期服用，都可能会增加不良反应发生的频率和程度，给身体带来伤害，须知是药三分毒。
长期吃金匮肾气丸可能会引起恶心、呕吐、腹泻、头晕、头痛等不良反应，极少数患者可能会出现皮疹、瘙痒等过敏反应，也会给肝和肾造成负担，严重者会出现肝肾功能异常。因此，不可擅自长期用药，请遵医嘱服用，如果正在服用其他药物，请就诊时告知医生。