早上刷牙有黄痰主要考虑是由支气管炎、扁桃体炎、上呼吸道感染等呼吸系统性疾病而引起的症状，但是也不排除鼻炎、鼻窦炎等鼻腔炎症性疾病的可能性。
因为呼吸系统疾病的局部炎症会引起支气管的上皮黏膜组织炎症驱化，使淋巴细胞、嗜酸性粒细胞等炎症细胞聚集，吞噬致病细菌、病毒以及有害微生物从而形成痰液，随着反射性咳嗽以及支气管上皮纤毛组织的运动，推向上呼吸道后再排出体外的过程。
晨起刷牙时刺激咽喉部位，因咳嗽而排出黄痰。鼻腔炎症性疾病产生黄痰的原因，主要是由于鼻腔局部炎症引起脓性物质的分泌，睡眠时鼻窦开口处较低，平卧后鼻窦内的炎性分泌物引流较直立时通畅，脓性分泌物在夜间有部分流到咽后壁，晨起后就会出现黄痰，建议可以到正规医院接受详细检查后查明具体病因再进行对症治疗。