巧克力囊肿手术最佳的时间，建议月经干净第3-7天之内，此期间的效果相对是比较好的。巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢，形成卵巢的子宫内膜异位囊肿，又称为巧克力囊肿。异位到卵巢上的子宫内膜，也会随着月经周期变化而产生增殖、脱落，从而出现出血，但是由于没有出口，所以会越积越多，形成巧克力囊肿。在月经干净后的3-7天之内，如果这期间做手术，有利于清除子宫内膜病灶，并分离粘连，能恢复卵巢的正常解剖结构。所以如果没有特殊情况，建议月经干净第3-7天之内手术。