骨囊肿的手术主要看在哪个部位以及囊肿的大小情况，三级医院治疗大约5cm左右的骨囊肿，单纯手术费用可能在3000元左右，把囊肿去除后需要植骨填充，人工骨大约需要10000元左右。如果使用自身骨头，部分费用可以节省，再加上检查费术后的用药和护理，需要25000元左右，二级医疗机构治疗，在总费用基础上能够下降10%左右。手术越早做花费越少，囊肿比较小，不影响正常活动，植入的人工骨比较少，不容易出现病理性骨折，如果并发病理性骨折，费用会进一步升高，与骨折内固定以及所用到的内固定装置有关，会增加20000元左右。