真菌与细菌的区别，最先是在形态上，二者都有细胞，但成分不完全一样。真菌细胞壁的主要成分是几丁质，而细菌是肽聚糖。真菌的细胞器有核糖体高尔基体、线粒体、内质网等等，而细菌只有核糖体。真菌的细胞核完整，其内的DNA与蛋白质组合形成染色质，而细菌只是一个拟核，蛋白质却没有，只有裸露的DNA。
真菌和细菌在临床导致疾病上也有差别，大多数导致发热的疾病是细菌，但当过量的应用抗生素过长时间，或者是加用糖皮质激素比较长的时间，也有可能导致真菌感染，出现真菌感染多是比较危急的情况。在临床上细菌相对多见，真菌感染大多是局部，比如体癣、股癣、脚癣。