子宫内膜异位症的典型症状就是继发性的痛经，并进行性的加重，疼痛多位于下腹、腰骶部及盆腔的中部，有时可放射至会阴部、肛门及大腿，常见于月经来潮时出现并持续至整个经期。
疼痛的严重程度与病灶的大小不一定成正比，粘连严重的卵巢异位囊肿可能并无疼痛，而盆腔内小的散在病灶却可引起难以忍受的疼痛，少数患者可表现为持续性的下腹痛、经期加剧.内异症患者不孕症的发生率高达40%，引起不孕的原因复杂，与盆腔微环境改变影响精卵的结合及运送、免疫功能异常导致抗子宫内膜抗体增加，而破坏子宫内膜正常的代谢以及生理功能、卵巢功能异常，导致排卵障碍及黄体形成不良等，还有双侧附件粘连、性交的不适、月经的异常以及其他手术瘢痕异位患者体检发现子宫活动度差、双侧可能扪及囊肿等。