小便阴茎疼痛建议一定要多喝水，多排尿，可以缓解疼痛，也可以促进炎症的排泄。小便阴茎疼痛注意是否有流脓，是否有不洁的性交史，如果有这些表现应该取脓液找支原体、衣原体、淋球菌检查，检查清楚再决定怎样进行进一步的治疗。
如果是淋球菌感染，建议可以使用大剂量的青霉素静脉滴注，3天可以达到治愈。如果合并有非淋感染，应该使用阿奇霉素进行治疗，需要7-10天才可以达到治愈。治疗期间应该注意内裤单独洗，注意避免与他人发生性行为，防止出现交叉感染。