同房后小肚子会疼的原因有以下情况：
一、性生活频繁，性生活频繁会导致女性盆腔脏器充血，盆腔长时间充血会导致盆腔静脉血液流通不畅，导致盆腔静脉淤血从而在性生活结束后出现小肚子疼的情况；
二、小肚子受凉，女性在性生活时如果没有保暖，可能导致寒气入体，就可能在性生活结束后出现小肚子疼的情况；
三、女性生殖器官的疾病，会在性生活结束后出现小肚子疼痛，比如盆腔炎、阴道炎、宫颈炎、子宫内膜炎、子宫内膜异位症、子宫肌瘤等。如果反复腹痛休息后腹痛无缓解，建议医院检查阴道、宫颈防癌检查、阴道分泌物检查等，进一步明确诊断对症治疗。