正常人咽部及扁桃体隐窝内存留着某些病原体，当人体抵抗力降低时病原体可大量繁殖，多数会破坏隐窝上皮，细菌侵入其实质而发生炎症，受凉、潮湿、过度劳累、烟酒过度、有害气体刺激、上呼吸道有慢性病灶存在等均可诱发本病。
扁桃体炎的病原体可通过飞沫和密切接触传染，通常呈散发性，偶有群体中暴发流行。扁桃体炎主要的致病菌是乙型溶血性链球菌、非溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎链球菌、流感杆菌或者腺病毒、鼻病毒、单纯性疱疹病毒等，也可引起本病。