胃石管反流的治疗通常给予促进胃动力、保护胃黏膜以及抑制胃酸分泌等综合治疗方案，促进胃动力常用多潘立酮，抑制胃酸分泌常给予H2受体拮抗剂或者质子泵抑制剂，H2受体拮抗剂，常用西咪替丁、雷尼替丁。
质子泵抑制剂比H2受体拮抗剂更有效，目前常用的是奥美拉唑、兰索拉唑、和埃索美拉唑，但是对于夜间胃酸的突破效果比较差，此时一般会联合H2受体拮抗剂控制。
除药物治疗外，还要注意日常生活的调整，避免进食过酸、过甜、过于油腻的食物，同时不要暴饮暴食，肥胖患者要适当地控制体重。