牙根部缝隙发黑提示牙齿根部发生龋坏，应及时的去进行处理。如果只是简单的龋洞感染，还没有波及到牙神经需要进行龋齿的充填即可。医生使用专用的器械祛除发黑的牙体组织，暴露健康牙本质以后来进行补牙。
如果局部缝隙已经发黑并且感染，波及到了牙髓，产生牙髓炎，治疗起来比较复杂，需要进行根管治疗和牙冠的修复。所以对于病人，当发生牙齿缝隙发黑，除了积极的进行治疗外，也应掌握正确的刷牙方法，要认真地刷牙，必要时辅助使用牙线和间隙刷，去清理牙齿表面和邻间隙，防止龋坏的发生。