理论上多数单心室都可以通过手术治疗根治。但是复杂的单心室手术治疗难度很大，成功率不高。比如房室瓣和动脉瓣发育良好，动脉位置异常不严重的单心室患者可以通过心室分隔手术治疗，而且几乎都能根治。而同时合并房间隔缺损，主动脉和肺动脉移位，二尖瓣和三尖瓣闭锁，腔静脉移位闭锁或者畸形等等，因为手术难度很大，患儿身体承受能力差，多数治疗效果不佳。