股骨植骨手术后遗症可以包括手术切口的愈合不良、手术切口感染，局部植骨处的骨折愈合不良、骨不愈合，也可以出现骨折延迟愈合。
同时也可以出现人工骨吸收切口处反复渗液，还可以出现异体骨的排异，引起局部排异反应、过敏反应。另外，也可以出现植骨处的骨强度不够，在轻微的外力下再次发生骨折，还会引起髓腔内的感染，引起骨髓炎。