药物流产肚子会疼吗的答案是肯定的，因为不管是哪种方法，是人流还是药物流产，都要使胚胎从子宫内排出，这个排出的过程都会产生疼痛。一般药物流产是通过服用药物，使得胚胎死亡，同时因药物导致子宫收缩。子宫通过收缩，使已经死亡的胚胎排出体外。
所以服药以后由于宫缩会产生肚子疼，肚子疼的轻重与胚胎生长的时限、宫缩的长短，以及每个人恶性的痛阈高低和敏感性各不相同，有些人会觉得疼痛难忍，有些人会觉得这种疼痛比较轻微。而如果出现胚胎排出不全需要刮宫，这时候也会产生疼痛。所以药物流产一定会产生腹痛，只是腹痛的轻重不同。