妇科杆菌主要指乳酸杆菌，女性的阴道内有多种微生物存在，这些微生物之间会形成生态平衡状态，并不致病。维持平衡最关键的就是乳酸杆菌，一旦这种平衡破坏，外界的病原体侵入，就会引起炎症反应。酸杆菌能产生过氧化氢，维持阴道的酸性环境，另外，还能杀灭或者抑制其他细菌，通过占位性的保护，以及营养竞争，而不利于其他微生物生长。如果长期使用广谱抗生素，或者频繁的性交、阴道灌洗等会使阴道的pH值升高，乳酸杆菌减少，就会引起阴道的炎症。因此，对于女性患者来说，体内雌激素水平下降、阴道上皮变薄、糖原减少、pH值升高，是导致其他致病菌成为优势菌的原因，会诱发阴道炎症。
女性的阴道存在很多种微生物，正常的微生物包括革兰氏阳性菌、需氧菌、兼性厌氧菌，主要的有益菌为乳酸杆菌，另外一种微生物是厌氧菌、需氧菌，其中以加德纳菌为主的厌氧菌，是引起细菌性阴道病的主要病因，所以乳酸杆菌是女性阴道内最有益的细菌。