慢性蝶窦炎治疗以清除病因、控制感染为主，通常采用药物治疗的方式进行治疗，如药物治疗效果欠佳，多采用鼻内镜手术清除蝶窦内病变。
一、药物治疗
1、糖皮质激素：糖皮质激素具有显著的抗炎、抗水肿和免疫抑制作用，是慢性蝶窦炎药物治疗体系中最重要的药物。
2、大环内酯药物：该疗法不适合在婴幼儿和孕妇中应用。对于鼻黏膜炎症比较明显的患者，例如黏膜充血肿胀明显、分泌物较多，可以先使用常规剂量治疗一周，待病情缓解后再改为小剂量长期用药。
3、抗菌药物：慢性蝶窦炎的发病与微生物感染有一定关系，但细菌不是慢性蝶窦炎发病的唯一和关键因素。因此治疗以抗炎为主，可以使用头孢、青霉素、阿奇霉素等药物，抗感染治疗应严格掌握适应症。
4、黏液溶解促排剂：影响呼吸道黏液性质和促进分泌物清除的药物统称为黏液活性药物，而黏液促排剂主要是指提高黏膜纤毛清除率或刺激咳嗽反射的药物。
5、减充血剂：减充血剂可缓解鼻黏膜炎性反应导致的黏膜充血和肿胀，减轻鼻窦引流通道的阻塞，改善鼻腔通气和引流，可与糖皮质激素短期联合用药，发挥治疗作用。
二、手术治疗
药物治疗无效后，内镜鼻窦手术是首选的外科治疗手段。其目的主要是切除鼻腔、鼻窦不可逆病变，重建鼻腔、鼻窦通气引流，促使黏膜炎症消退，促进黏膜腺体和纤毛清除功能的恢复。
1、适应症：1、影响窦口鼻道复合体或各鼻窦引流的明显解剖学异常。
2、影响窦口鼻道复合体或各鼻窦引流的鼻息肉。
3、原则上经过不少于12周的规范化药物治疗后，症状改善不满意者。
4、出现颅、眶等并发症。
2、方式：可以分为经前后窦、中鼻甲基板、鼻中隔和鼻腔（蝶窦自然口）四种进路进入蝶窦。提倡经中鼻道以上鼻甲或最上鼻甲为标志定位，并经蝶窦自然口扩大和开放蝶窦，推荐使用咬骨钳或环形咬钳开放蝶窦前壁。
三、其他治疗
鼻腔冲洗：鼻腔盐水冲洗可以改善患者的症状和生活质量，其作用在于清除鼻腔鼻窦黏液，增强纤毛活动，破坏和清除各种抗原、生物膜及炎性介质，保护鼻窦黏膜，主要分盥洗法和喷雾法。