一般肠镜检查无明显不适，检查之后不适症状可以改善，如出现腹部不适，通常在3-5天左右可以自行缓解，如不缓解可以通过口服药物进行改善。
肠镜检查是协助诊断结直肠疾病的重要检查手段，通过肠镜检查，可直观并清晰的观察到患者的结肠、直肠，以及部分回肠末段的黏膜，协助诊断炎症性肠病、缺血性肠病以及结直肠肿瘤等疾病。此外，在发现病变时还可通过活检钳钳取病变组织，进行病理学检查，以协助病变性质以及严重程度的判定。由于结肠走行迂曲，并具有较多的皱襞样结构，因此在进镜过程中需要使用钩拉法，并注入一定量的气体。
在检查过程中和术后，患者可能会出现腹胀以及腹痛等不适症状，上述不适症状多于排气、排便后明显缓解，如症状持续或出现剧烈的腹痛，伴有发热等症状时，应及时到医院就诊。