试管婴儿也有发生胚胎停止发育的可能，胚胎停止发育大约有一半以上的原因是由于染色体异常，试管婴儿尤其是第一代试管婴儿对于胚胎的染色体无法选择，所以同样有发生胚胎染色体异常引起胎停育的可能。胚胎停止发育的原因如下：
1、胚胎染色体异常：最常见的是胚胎本身的因素，胚胎染色体异常是导致胚胎停止发育的主要原因。在早期流产进行染色体检查时，发现大约有50%-60%胚胎停育的胚胎组织有染色体异常。如果夫妻任何一方有染色体异常，均可以传给子代，导致胚胎染色体异常，引起胎停。染色体异常包括染色体数目的异常，多见于三倍体和四倍体，结构异常是指染色体可以见到异位、断裂和缺失。
2、感染、药物作用：除遗传因素以外，感染、药物等不良作用也可以引起胚胎染色体异常，从而导致胚胎停止发育。这种情况一般发生在妊娠12周以前，极少数患者可以维持到妊娠足月，出生以后可能出现畸形儿或者代谢、功能的缺陷。
3、母亲的因素：比如妊娠时发生了全身感染性高热或者感染病毒、原虫、支原体、疱疹病毒等也会引起胎儿染色体的疾病，从而出现流产。
4、其他原因：内分泌异常、免疫功能异常等诱因，同样都是导致胚胎停止发育的诱因。
试管婴儿只是通过人为的技术将精子和卵子在体外进行培育，发育成早期囊胚，再移植回宫腔，但是不能决定胚胎染色体以及母体等各方面的因素，所以同样会发生胚胎停止发育。
