阴茎上面长了小水疱，很可能是得了生殖器疱疹，又称为阴茎疱疹，是由单纯疱疹病毒所引起的性传播疾病。主要通过性接触传染，潜伏期为3-5天，局部先有烧灼感，出现红斑，继而发生澄清小水疱，多见于龟头、冠状沟、尿道口、阴茎。水疱也可以逐渐变成脓疱，大约一周左右破溃而形成糜烂面和溃疡，本病三周左右可以自愈，但是容易反复发作。
本病的病原体为单纯疱疹病毒，分为1型和2型，1型主要引起口唇、咽、眼睛、皮肤等非生殖器感染，而2型主要引起外生殖器官的感染。由于具有传染性，因此应该积极治疗，建议性伴侣或者配偶也同时进行检查。如果也发生了感染，一定要一起治疗，以免双方互相交叉感染。