砂仁辛、温，归脾、胃、肾经，有化湿开胃、温脾止泻、理气安胎的功效，可以治疗脾胃气滞、湿邪阻滞中焦。本品气辛、性温，能散能通，善于化湿行气温中，有醒脾和胃的作用，凡是脾胃湿阻以及气滞所导致的脾胃不和、腹胀都可以选用。
尤其适合于寒湿气滞导致的各种症状，可以配伍厚朴、陈皮、枳实。若脾虚气滞，砂仁可以配伍木香、党参、茯苓。如果脾胃气虚夹湿，见乏力、食欲不振、消化不良、腹胀或呕吐腹泻，砂仁可以配伍人参、茯苓。砂仁可以行气安胎，常用于肝气郁结导致的早孕呕吐。